Những chủ nhân đầu tiên của vùng đất Montana là các bộ tộc thổ dân da đỏ. Họ bao gồm người Crow sống ở phía trung nam tiểu bang, người Cheyenne ở miền đông nam, các bộ lạc Blackfeet, Assiniboine, Gros Ventres ở miền trung, trung bắc và cuối cùng là người Kootenai và người Salish ở phía tây. Bên cạnh đó, còn có các nhóm nhỏ người Pend d'Oreilles và người Kalispel sống gần hồ Flathead và phía tây. Những bộ tộc da đỏ này có đời sống du mục nhờ săn bắn bò rừng bison.

Phần phía đông của tiểu bang Montana nằm trong vùng đất mua Louisiana mà Pháp bán cho Mỹ năm 1803. Sau khi đoàn thám hiểm của Lewis và Clark khám phá ra những mỏ vàng và đồng tại Montana cuối thập niên 1850, vùng đất này trở thành một vùng lãnh thổ do nước Mỹ kiểm soát (Montana Teritory) vào ngày 26 tháng 5 năm 1864 rồi trở thành tiểu bang thứ 41 của Hoa Kỳ vào ngày 8 tháng 11 năm 1889. Các đạo luật Homestead Act được ban hành vào các năm 1862 và đầu thế kỉ 20 để cung cấp đất cho những người dân nhập cư vào Montana khai khẩn trồng trọt.

Các dòng người da trắng đổ vào Montana đã dẫn tới những xung đột với thổ dân da đỏ bản địa. Năm 1876, toàn bộ một trung đoàn kỵ binh của quân đội Mỹ do tướng George Custer đã bị thổ dân da đỏ tiêu diệt trong trận Little Bighorn nổi tiếng. Đây là một trong những trận chiến nổi tiếng nhất trong lịch sử nước Mỹ và tượng trưng cho sự cố gắng bảo vệ quê hương và giữ gìn bản sắc văn hóa của người da đỏ tại đây.